Abschnitt VII Abs. 2 des Beflaggungserlasses verweist auf besondere Vorschriften über die Beflaggung der Dienstgebäude, Anlagen und Einrichtungen der Bundeswehr. Die Beflaggung der Schiffe und Boote ist in der Bereichsvorschrift C1-280/0-3311 "Vorgaben für Flaggenführung, Salute und Besuche von Schiffen/Booten der Bundeswehr" in der Fassung vom 26. September 2017 geregelt. Sie enthält Bestimmungen über das Führen von Flaggen nach den internationalen Gebräuchen an Bord von Kriegs- und Hilfsschiffen der Bundeswehr im Frieden sowie im Krieg (Abschnitt 2), das Feuern von Salut (Abschnitt 3), dienstliche Besuche (Abschnitt 4). Für Landdienststellen der Marine gilt die Zentralrichtlinie A2-2630/0-0-3 "Militärische Formen und Feiern der Bundeswehr". 

Flaggen an Bord sollen die Nationalität und den Charakter eines Schiffes/Bootes, den Standort und die Dienststellung des Kommandoinhabers bzw. der Kommandoinhaberin, die Anwesenheit eines Staatsoberhauptes an Bord, feierliche Ereignisse und Trauerfälle sowie Ehrenerweisungen anzeigen. Die Dienstflagge der Seestreitkräfte und die Bundesdienstflagge werden in verkleinerter Form auf den zu ihrer Führung berechtigten Schiffen/Booten als Gösch (Bugflagge) gesetzt. Kriegsschiffe, die landfest oder verankert sind, setzen die Dienstflagge der Seestreitkräfte und die Gösch von 07:00 Uhr (April-September) bzw. 08:00 Uhr (Oktober-März) bis Sonnenuntergang, spätestens bis 20:00 Uhr. Kriegsschiffe in Fahrt führen stets, auch bei Dunkelheit, die Dienstflagge der Seestreitkräfte. 

Standarte des Bundespräsidenten im Topp (Vergrößerung öffnet sich im neuen Fenster) Quelle: BReg / Engelbert Reinecke Standarte des Bundespräsidenten im Topp

Die "Flaggenparade", das tägliche Setzen und Niederholen der Dienstflagge der Seestreitkräfte und der Gösch, erfolgt auf den landfesten und verankerten Kriegsschiffen unter Zeremoniell. In der Regel findet die Flaggenparade als "kleine Flaggenparade" statt. Die "große Flaggenparade" ist nur auf salutfähigen Schiffen zulässig und wird nur beim Zusammenliegen mehrerer Schiffe zu bestimmten Anlässen angeordnet. Die Spielleute der Ehrenwache oder das Musikkorps spielen den Holländischen Ehrenmarsch, solange die Flagge bewegt wird. Daran schließen sich die deutsche Nationalhymne und die Hymne des Staates an, in dem sich das Schiff zurzeit befindet und dann in Reihenfolge des französischen Alphabets die Hymnen der Staaten, deren Kriegsschiffe im Hafen liegen. 

Der "Flaggenschmuck" ist die Bekundung eines feierlichen Ereignisses an Bord von Schiffen/Booten. Die Anlässe und Art des Flaggenschmucks bestimmt der Bundesminister bzw. die Bundesministerin der Verteidigung, ggf. in Abstimmung mit dem Auswärtigen Amt. Bei "kleinem Flaggenschmuck" setzen alle fahrenden, landfesten und verankerten Schiffe/Boote neben der Heckflagge die gleiche Flagge in den Toppen. Bei "großem Flaggenschmuck" werden unter bestimmten Voraussetzungen ergänzend die Signalflaggen in einer festgelegten Anordnung vom Bug über die Toppen nach dem Heck gesetzt. 

Dienstflagge der Seestreitkräfte am Heck der Gorch Fock auf See (Vergrößerung öffnet sich im neuen Fenster) Quelle: BArch, Bild F048238 / Ludwig Wegmann Dienstflagge der Seestreitkräfte am Heck der Gorch Fock auf See

"Flaggentrauer" ist die Trauerbezeugung an Bord von Schiffen/Booten in See, auf Reede und im Hafen. Dabei wird unterschieden zwischen "kleiner Flaggentrauer" (Heckflagge und ggf. Gösch sind auf halbstock gesetzt) und "großer Flaggentrauer" (zusätzlich zur kleinen Flaggentrauer werden die Toppflaggen gesetzt und halbstock niedergeholt). Ohne besonderen Befehl wird unter Anderem am 27. Januar (Tag des Gedenkens an die Opfer des Nationalsozialismus) und am Volkstrauertag sowie bei einer durch die Bundesregierung angeordneten Trauerbeflaggung kleine Flaggentrauer angelegt. Große Flaggentrauer wird grundsätzlich durch besonderen Befehl des Bundesministeriums der Verteidigung angeordnet. Standarten und Kommandozeichen werden nur dann halbstock gesetzt, wenn der zu ihrer Führung Berechtigte gestorben ist. Schiffe/Boote im Flaggenschmuck dürfen nicht gleichzeitig Flaggentrauer anlegen. 

Die Standarte des Bundespräsidenten wird auf Schiffen/Booten im Topp bzw. Großtopp gesetzt, auf denen der Bundespräsident anwesend ist oder sich eingeschifft hat. Auf einem Schiff/Boot, das die Standarte des Bundespräsidenten gesetzt hat, darf kein Kommandozeichen oder Unterscheidungszeichen wehen. Von Sonnenuntergang bis Sonnenaufgang ist die Standarte durch Beleuchtung sichtbar zu machen. Neben der Standarte des Bundespräsidenten dürfen auf einem deutschen Kriegsschiff nur die Dienstflagge der Seestreitkräfte und fremde Kriegs- und Landesflaggen wehen.